欧洲军团成立初期面临诸多复杂且严峻的挑战，这些挑战涉及军事、经济、政治等多个层面，影响着军团的组建与发展。

指挥权问题

欧洲各国军事体系、战略目标和指挥习惯存在差异，协调指挥权困难重重。不同国家可能优先考虑本国利益，在作战指挥、军事行动决策上难以达成一致。例如，在军事行动中，各国指挥官对于作战方案和战略方向存在分歧，会影响行动的效率和效果。而且，建立统一的指挥机构需要平衡各国权力，这一过程充满博弈与妥协。

资金分配难题

欧洲各国经济发展水平参差不齐，对于军事投入的意愿和能力不同。资金分配难以满足各国需求，富裕国家可能不愿承担过多费用，而经济较弱的国家又希望获得更多支持。此外，资金的使用方向也存在争议，如在军事装备研发、人员培训等方面的资金分配比例上，各国难以达成共识。

成员国利益协调

每个国家都有自身的政治、经济和安全利益考量，在欧洲军团的组建和运作中，需要协调各国利益。比如在军事任务的分配上，有些国家可能希望承担更多维和任务，以提升国际影响力；而有些国家则更关注本土防御。这种利益诉求的差异，会影响军团的整体战略规划和行动部署。

军事标准统一

欧洲各国军事装备、训练体系和作战标准各不相同，统一这些标准是一项艰巨任务。不同的军事装备难以实现互联互通，在联合作战中会出现协同困难的问题。而且，统一训练体系和作战标准需要大量的时间和资源投入，还可能面临来自各国军事传统和习惯的阻力。