中华革命军、同盟会和国民党在不同历史阶段有着不同的组织结构与目标，理解其差异能洞察孙中山革命思想的发展。

组织结构差异

• 同盟会：是一个松散的革命联盟，由兴中会、华兴会、光复会等多个组织联合而成。采用会员制，组织架构设有总理、执行部、评议部和司法部。总理为最高领导人，执行部负责具体事务，评议部有议事权，司法部负责监察。这种三权分立的架构体现了一定的民主性，但各地方分会相对独立，缺乏高度集中的领导。
• 国民党：由同盟会联合多个小党派改组而成。在组织结构上，采用理事合议制，设理事长一人、理事若干人。地方组织分为省、县、区党部等，组织体系更加完备，党员数量大幅增加。不过，由于吸纳了大量旧官僚和政客，组织成分复杂，纪律较为松散。
• 中华革命军：强调绝对服从孙中山个人。以孙中山为总理，设总务、党务、军事三部。入党者要按指印、立誓约，表明对孙中山的忠诚。这种高度集权的组织形式，旨在解决之前革命组织松散、缺乏凝聚力的问题。

目标差异

综上所述，从同盟会到国民党再到中华革命军，孙中山领导的革命组织在组织结构上从松散走向集中，目标也随着时代背景和革命形势的变化而不断调整。