塞巴斯蒂昂出生不久便继承王位,这与当时葡萄牙王室的复杂情况紧密相关,家族传承出现特殊状况导致其年幼即位。
葡萄牙王位继承遵循一定顺序。塞巴斯蒂昂的父亲是若昂王子,他是国王若昂三世的长子。若昂王子本是王位第一继承人,但他于1554年早逝,使得王位继承顺序发生变化。
1557年,国王若昂三世离世。由于若昂王子已去世,按照继承顺序,王位便落到了若昂王子年幼的儿子塞巴斯蒂昂头上。当时塞巴斯蒂昂尚在婴儿时期,就这样成为了葡萄牙王位的继承人。
塞巴斯蒂昂的幼年即位,使得葡萄牙在他成年亲政前由他人摄政。其统治经历也因早年即位的特殊背景,对葡萄牙历史发展产生了诸多影响。