建立跨国保护区旨在保护生态与生物多样性，但过程中会遇到诸多复杂挑战，除了地雷清理和边境障碍，还涉及多方面难题。

安全与基础设施类挑战

• 地雷清理：部分跨国边境区域曾经历战争，遗留大量地雷，清理工作危险且成本高昂，需专业技术与大量时间，影响保护区建设进度与工作人员安全。
• 边境障碍：边境存在围栏、哨所等设施，阻碍动物迁徙，破坏生态连通性。拆除或改造需与边境管理部门协调，涉及政治、安全等多方面考量。

政策与管理类挑战

• 法规差异：不同国家法律和政策在保护区管理、资源利用等方面规定不同，统一管理标准和执法难度大，易导致保护措施执行不一致。
• 协调合作：跨国保护区涉及多个国家政府部门、利益相关者，各方目标、利益和管理方式有差异，沟通协调成本高，需建立有效合作机制和沟通平台。

社会与经济类挑战

• 社区发展需求：保护区周边社区依赖自然资源发展经济，建立保护区可能限制资源利用，引发社区与保护区管理方冲突，需平衡保护与社区发展利益。
• 资金短缺：跨国保护区建设和运营需大量资金用于基础设施建设、监测、科研等，但资金来源不稳定，不同国家财政支持能力和意愿不同。