沙勿略于1542年抵达果阿，其传教活动遭遇文化冲突、语言隔阂及殖民统治矛盾等复杂阻力。

语言与文化差异
果阿本土的孔卡尼语与马拉巴尔地区的方言成为传教障碍，沙勿略需依赖翻译人员，导致教义传递易失真。同时，印度教与伊斯兰教的传统习俗（如种姓制度、多神信仰）与基督教的一神论存在根本性矛盾，民众对改宗持抵触态度。

殖民与宗教的冲突
葡萄牙殖民者将基督教传播与军事征服绑定，引发当地民众反感。以下表格对比了殖民政策与传教目标的矛盾：

健康与环境限制
果阿的热带气候导致疟疾等疾病频发，沙勿略在书信中记载，约30%的传教士因水土不服死亡，人力短缺迫使传教网络收缩至沿海城镇，难以深入内陆。

宗教竞争与政治干预
果阿的印度教祭司与穆斯林领袖联合抵制基督教扩张，指责其破坏传统社会结构。此外，葡萄牙总督更关注贸易利益，常削减传教经费，迫使沙勿略通过海外募资维持活动。