1637-1638年岛原之乱是天主教徒反抗幕府压迫的起义，失败后幕府采取系统性措施消除基督教影响并巩固统治。

血腥清洗与集体处决 幕府军队攻陷原城后，对3.7万起义者实施无差别屠杀，生还者不足百人。主谋天草四郎及其家族被斩首示众，尸体经盐渍处理后悬挂于长崎港口。以下为部分处决方式统计：

宗教镇压体系化

1. 全国推行「宗门改」，强制民众在佛教寺院登记
2. 实施「絵踏」仪式，每年要求民众践踏基督像以证清白
3. 建立「五人组」制度，邻里互相监督举报基督徒
4. 颁布《禁教令追加条例》，规定藏匿信徒者满门抄斩
5. 将告密者赏金提高至白银30枚，刺激民间检举

社会结构改造 幕府强制迁移九州地区20万户居民，拆散信徒聚集区。在岛原半岛实施「十村制」，每10个村庄设1名佛教僧侣监管。幸存的1,234名儿童被送至京都寺院改造，婚配时需提供三代无信教证明。