护法运动的本质冲突源于双方对共和内涵的不同理解，孙中山认为段祺瑞的主张违背了民主根基。

一、宪法与法统的冲突

孙中山坚持《临时约法》是民国唯一合法宪法，而段祺瑞以“再造共和”名义解散国会、废除约法，试图通过武力重组政治架构。

二、段祺瑞的军阀本质

段祺瑞虽以“共和”为旗号，但其政权依赖北洋军阀，实际延续专制统治模式。例如：

1. 解散国会后，段政府以参战名义向日本借款扩充军备，未兑现民主承诺；
2. 地方军阀割据未改，民众未获实质权利。

三、权力争夺与政治理想分歧

孙中山认为“再造共和”是段祺瑞排除异己的借口。1917年府院之争中，段祺瑞为压制反对派，甚至默许张勋复辟以换取政治筹码，暴露其缺乏维护共和的决心。

四、护法运动的实践差异

孙中山的护法运动旨在恢复国会与约法，而段祺瑞的“再造”计划以集权为目标。二者矛盾不可调和，最终演变为南北军事对抗，导致民国初期宪政尝试彻底失败。