宜万铁路被称为“桥隧博物馆”，建设中遭遇了极为复杂的地质状况，面临着诸多严峻挑战，严重影响工程进度与安全。

1. 喀斯特地貌发育：沿线喀斯特地貌广泛分布，存在大量溶洞、暗河。例如齐岳山隧道，穿越了多个大型溶洞，施工中遇到多次突水突泥灾害。这不仅增加了隧道开挖的难度，还威胁施工人员安全，且处理溶洞和暗河需要额外的工程措施和大量资金。
2. 断层破碎带多：线路经过众多断层破碎带，岩石破碎，稳定性差。如野三关隧道，遇到多个断层，围岩极易坍塌。在破碎带施工时，支护难度大，进度缓慢，还可能引发坍塌事故，影响整个工程的推进。
3. 高地应力问题：部分地段存在高地应力，可能导致岩爆等地质灾害。在马鹿箐隧道施工中，就发生过岩爆现象。岩爆产生的巨大冲击力会破坏设备、伤害人员，对施工安全构成严重威胁。
4. 滑坡与泥石流隐患：铁路沿线地形起伏大，在雨季容易发生滑坡和泥石流。这对桥梁、路基等工程设施造成破坏，也会影响施工期间的物资运输和人员安全，增加了工程的不确定性和风险。