该歌曲自1984年创作以来，历经三次重要修订。首次修订发生在1997年香港回归之际，作曲家孟卫东将原版副歌部分的四小节重复结构改为渐进式旋律，增强情感递进。2008年汶川地震后，为适应赈灾义演需求，第二段主歌部分新增了降B调版本，使演唱者可根据现场条件灵活调整音域。

2019年国庆70周年时，国家大剧院组织专家团队对简谱进行系统性优化：

值得注意的是，2019版在第二乐段结尾处新增了八度大跳设计，这一修改既保留了原曲"五星红旗迎风飘扬"的经典旋律，又通过音域扩展增强了仪式感。这种既保持核心旋律稳定性，又在细节处体现时代审美的修订策略，使《祝福祖国》在传承与创新中持续焕发艺术生命力。