1918年孙中山辞去大元帅职务后，护法军政府的权力核心由革命派转向地方军阀，引发组织结构与政治目标的多重转变。

一、权力核心的转移

原护法军政府以孙中山为领导核心，其辞职后，滇系、桂系军阀（如陆荣廷、唐继尧）掌握实权。他们通过改组军政府，将大元帅制改为七总裁合议制，孙中山仅列名总裁之一，实际决策权被地方势力架空。

二、政治架构的调整

三、军事与财政的分裂

1. 军事割据：滇、桂军阀拒绝服从军政府统一调遣，以省为单位划分势力范围。例如，广东由桂系控制，云南由滇系把持。
2. 财政独立：地方截留税收，军政府失去经济统筹能力，仅靠部分商税和华侨捐款维持运作。

四、政治目标的异化

护法运动初期以“恢复《临时约法》”为旗帜，孙中山辞职后，军政府逐渐沦为军阀争夺地盘的合法性工具。例如：

• 桂系与北洋政府秘密谈判，试图换取地方自治权；
• 滇系以护法名义扩张西南势力，偏离反北洋核心目标。

五、革命力量的边缘化

孙中山派系成员（如胡汉民、廖仲恺）被排挤出决策层，部分追随者转而南下重组革命力量，为后续建立广东革命政府埋下伏笔。