《取消政治委员案》是特定历史背景下的产物，该议案主要针对国民党内部以下权力结构：

1. 党代表权力体系：政治委员本质上类似党代表角色，负责在军队等系统贯彻党的意志、监督执行情况。取消此职位，削弱了党对军队等关键领域的直接掌控权力，使党代表在军队中所拥有的决策参与权、人事监督权等不复存在。
2. 政工体系：政治委员是政工体系的重要支撑。取消这一职务，打破了原本相对独立且有影响力的政工权力结构，降低了思想政治工作在国民党体系内的地位，使得军队等部门政治工作的组织、开展与监督权力受到严重冲击。
3. 制衡权力结构：政治委员在一定程度上对军事长官权力形成制衡。取消政治委员，意味着军事长官权力进一步集中，原本通过政治委员实现的权力制约机制被打破，军事将领在军事决策、人事安排等方面的自主权力大幅提升。

总体而言，《取消政治委员案》的通过，改变了国民党内部权力分配格局，削弱了党对军事等关键领域的管控，对国民党后续发展产生了重要影响。