南京大学为纪念匡亚明校长对学校发展的卓越贡献，于2006年将其创办的基础学科教育学院正式更名为匡亚明学院，延续其培养拔尖人才的教育理念。

匡亚明曾于1963年至1966年、1978年至1982年两度担任南京大学校长，推动学科改革并倡导“打通文理”的交叉培养模式。2006年，南大将其基础学科教育学院更名为匡亚明学院，成为该校本科拔尖人才培养的核心基地。以下为相关机构信息：

除学院实体外，南京大学还设立“匡亚明奖学金”“匡亚明论坛”等学术项目。其主编的《中国思想家评传丛书》研究平台亦纳入人文社科研究院体系，形成多维度的学术传承机制。