在教皇历史的研究中，约翰六世正式称号是否混淆是值得探讨的话题。从历史资料看，教皇称号的记录可能受多种因素影响。

正常情况无混淆

通常教皇序列的记录有一定规范。教会的档案管理在一定时期内较为严谨，会详细记录每位教皇的称号信息。在这种有序的管理下，约翰六世的正式称号有明确界定，一般不会出现混淆情况。例如，官方文件会清晰记载其在位时间、主要事迹及对应的称号。

存在混淆的可能因素

• 历史记载差异：不同地区或不同年代的历史文献对约翰六世的记载可能存在出入。一些民间记录可能不够准确，导致称号信息在传播过程中出现偏差。
• 政治宗教因素：在历史上，宗教与政治相互交织。不同政治势力可能为了自身利益，对教皇称号进行篡改或错误解读，从而引发混淆。

综上所述，约翰六世在教皇序列中的正式称号存在一定的混淆可能性，但也有规范管理下明确清晰的情况。需结合更多历史资料进行综合判断。