玻尔因秘密救助犹太科学家、公开抵制纳粹政策，引发德国当局的敌视与追捕。

玻尔在二战期间的行动直接触怒了纳粹政权。他不仅为流亡科学家提供庇护，还通过国际网络将部分人员送往英国和美国。德国占领丹麦后，玻尔拒绝执行针对犹太人的政策，并公开谴责法西斯暴行，导致其被列为“高危目标”。1943年10月，玻尔在丹麦抵抗组织协助下，连夜乘渔船穿越厄勒海峡，最终辗转抵达美国参与反法西斯科研工作。