作为航天飞机计划中两架标志性轨道器，挑战者号与哥伦比亚号的首航任务在目标设定与历史定位上存在显著差异。以下对比呈现关键区别：

哥伦比亚号承担着验证航天飞机整体可靠性的重任，其首飞携带了超300个传感器监测飞行数据。挑战者号作为第二架服役轨道器，首航聚焦新型设备测试与卫星部署，首次实现航天飞机释放大型卫星并成功展开太阳翼。二者在舱外活动方面存在差异：STS-6任务完成了航天飞机时代首次太空行走，而STS-1受限于任务目标未安排此项内容。

发射场选择也体现任务差异，哥伦比亚号从肯尼迪航天中心39A工位升空，挑战者号则使用相邻的39B工位。两架航天飞机后续任务轨迹由此分野：哥伦比亚号长期承担科研任务，挑战者号逐步转向商业载荷运输。