三链DNA由三条核苷酸链构成，碱基配对方式与双链DNA存在差异，其稳定性受环境因素影响较大。

结构对比表

核心差异详述

1. 链数与空间排布
   双链DNA通过两条链互补配对形成螺旋结构，而三链DNA在特定序列（如富含嘌呤区域）中引入第三条链。第三条链通常以平行或反平行方向嵌入双螺旋的大沟，形成“三螺旋”或“分子间三链”结构。

2. 配对模式扩展
   传统双链依赖A-T和C-G的严格互补，而第三链通过Hoogsteen氢键与双链结合。例如：

• 嘧啶型三链中，第三条链的T与A-T配对中的A结合
• 嘌呤型三链中，第三条链的C质子化后与G-C配对中的G结合

3. 环境依赖性
   三链DNA的形成需特定条件：

• 低pH环境（促进胞嘧啶质子化）
• 高浓度阳离子（如Mg2?）中和磷酸骨架排斥力
• 特定序列重复（如镜像重复或均聚物序列）

4. 功能定位差异
   双链DNA是遗传信息的主要载体，而三链结构多出现在基因调控区域，通过阻断转录因子结合或形成特殊染色质构象影响基因表达，在端粒维持、重组修复中亦有潜在作用。