初创阶段的复旦公学面临两大难题：经费不足与校舍短缺，主要依靠社会捐助、学费及租赁场地实现办学。

经费来源

1. 社会募捐
   创始人马相伯捐出个人积蓄，并动员江南士绅、商界名流（如张謇）出资支持。
2. 学费收入
   每名学生每年缴纳学费100银元，用于日常运营。
3. 官方补贴
   两江总督周馥拨款白银1万两，缓解初期资金压力。

校舍解决方案

4. 校舍拓展
   1917年李登辉校长发起募捐，购得江湾土地（现邯郸校区），奠定永久校址基础。